Le secrétariat général, placé sous la responsabilité d’un attaché d’administration, assure la coordination des moyens pour l’ensemble de l’Ecole dont le statut est celui d’un établissement public national à caractère administratif. Cette direction organise l’allocation et la répartition de la subvention pour charge de service public accordée par la tutelle et votée par le conseil d’administration pour satisfaire l’accomplissement des missions dévolues à l’Ecole. Les missions principales, outre la programmation et le suivi budgétaire déclinés lors du dialogue de gestion avec les autres directions ainsi que la maîtrise des risques comptables et financiers, sont réparties entre cinq départements.
Le secrétariat général est dirigé par Jean-Noël Decottignies, attaché d'administration. 

Le département budget et finances

Ce département pilote les processus budgétaires et comptables propre à un établissement public. A ces missions se rajoute les dotations des élèves en uniforme, la restauration sur site, la prise en charge des déplacements.
Ce département comprend deux unités :

• l'unité services économiques et marchés publics
• l’unité billeterie - déplacements formation

Le département hébergement, accueil et sécurisation

Le département Accueil-Hébergement-Sécurisation est en charge des missions suivantes :

• L’accueil physique et téléphonique des différents publics en formation à l’école, des intervenants ou encore des autorités.
• L’hébergement composé de 1 308 chambres (1 750 couchages) réparties sur 4 villages .
• La sécurisation du site avec une équipe de 10 réservistes qui effectuent le contrôle d’accès.

S’ajoutent à ces missions, la gestion des locations des structures de l’école et la vente d’écusson et d’ouvrages à l’accueil.
L’unité Accueil/hébergement effectue également le suivi de différents marchés publics tels que l’entretien et le nettoyage du site, la blanchisserie et le marché gardiennage.

Le département des ressources humaines

Le département des ressources humaines élabore en lien avec les directions une gestion prévisionnelle des emplois et des compétences dans le cadre du nombre d’emploi inscrit au budget imposé par la tutelle. Il assure le règlement des traitements et indemnités des personnels, des élèves et des personnels du corps enseignant associé.

Ce département comprend trois unités : 

• l'unité de gestion des personnels et des effectifs
• l'unité traitements et indemnités
• l'unité gestion administrative et financière des élèves

A ces trois unités s’ajoute une mission de développement des compétences en charge de la formation du personnel de l’École.

Enfin, le DRH intègre le pôle médico-psycho-social de l’École.

Le pôle médico-psycho-social, créé début 2008, et composé d’un médecin de prévention, d’une psychologue clinicienne, d’une assistante sociale et d’une secrétaire, permet une prise en charge globale des publics élèves et personnels :

• La secrétaire accueille tous les publics et les oriente vers les différents professionnels. Elle  gère aussi toute la partie administrative de l’activité du pôle.     
• Le médecin de prévention s’occupe au niveau des élèves du dépistage de la tuberculose, de la mise à jour des vaccins, des urgences médicales, des soins médicaux divers et des accidents de travail. Au niveau des agents, il gère les visites médicales.  
• La psychologue clinicienne reçoit en entretien les élèves et les personnels à leur demande, gère les urgences, oriente vers les services extérieurs lorsque nécessaire, et met en place des relais avec les collègues en établissements.
• L’assistante sociale informe les élèves et les personnels sur leurs droits (prestations familiales et sociales, formalités administratives…), aide et conseille (recherche de logement, difficultés financières…) et intervient dans le cadre d’un suivi social en lien avec d’autres partenaires.  

Les membres du pôle médico-pyscho-social participent aux actions de prévention de l’École en matière de risques psycho-sociaux, d’addictions et  de prévention routière. Par ailleurs, elles ont un rôle pivot sur la problématique des travailleurs handicapés.

Le département technique

Le département technique gère, entretient et développe le parc immobilier. Il prépare au plan technique les opérations d’investissement qui seront votées par le conseil d’administration. Ces opérations font l’objet de marchés publics immobiliers.
Au quotidien, le département est en charge des tâches de vaguemestre pour les services de l’école et à destination des élèves. Le département est en charge de la logistique qui s’étend aux villages d’hébergement.
Ce département est constitué de deux unités : l'unité de maintenance tertiaire - bâtiments pédagogiques et administratifs et l'unité de maintenance villages d'hébergement.

Le département des systèmes d’information

Le département des systèmes d’information élabore le plan d’action de l’Ecole en matière d’achat ou de développement en interne de logiciels et d’équipement pour les personnels et les élèves. Ce plan d’action est déterminé par le schéma directeur établi pour trois années.
Le département propose la programmation et le financement des acquisitions nouvelles et renouvellements et en supervise le déploiement.
A partir des orientations définies par le secrétariat général du Ministère de la Justice, le département met en œuvre les dispositifs de sécurité informatique recommandés.
Ce département est constitué des unités gestion administrative, technique et infrastructure, assistance et support.