Le secrétariat général, placé sous la responsabilité d’un attaché d’administration, assure la logistique et la coordination des moyens de l’École. Il regroupe plus de 75 agents fonctionnaires et contractuels dédiés à la gestion des ressources et aux moyens matériels d’exercice des missions de l’École.

Le secrétariat général est dirigé par Jean-Noël Decottignies, attaché d'administration. 

Le département des services financiers

Ce département élabore les budgets initiaux et rectificatifs de l’École, supervise les commandes et ordonnancements et pilote les processus budgétaires et comptables propres à un établissement public, en lien avec l’agence comptable. Il passe les marchés publics utiles, prend en charge des déplacements des élèves vers les lieux de stage ainsi que le versement de leurs indemnités de stage.

Ce département comprend deux unités :

• L’unité services économiques et marchés publics
• ​​​​​​L’unité billetterie – frais de déplacement.

Le département hébergement, accueil et sécurisation

Le département Accueil-Hébergement-Sécurisation est en charge des missions suivantes :

• L’accueil physique et téléphonique des différents publics en formation à l’école, des intervenants ou encore des autorités.
• L’hébergement composé de 1 308 chambres (1 750 couchages) réparties sur 4 villages .
• La sécurisation du site avec une équipe de 10 réservistes qui effectuent le contrôle d’accès.

S’ajoutent à ces missions, la gestion des locations des structures de l’école et la vente d’écusson et d’ouvrages à l’accueil.
L’unité Accueil/hébergement effectue également le suivi de différents marchés publics tels que l’entretien et le nettoyage du site, la blanchisserie et le marché gardiennage.

Le département des ressources humaines

Le département des ressources humaines élabore en lien avec les directions une gestion prévisionnelle des emplois et des compétences dans le cadre du nombre d’emploi inscrit au budget imposé par la tutelle. Il assure le règlement des traitements et indemnités des personnels, des élèves et des personnels du corps enseignant associé.

Ce département comprend trois unités : 

• l'unité de gestion des personnels et des effectifs
• l'unité traitements et indemnités
• l'unité gestion administrative et financière des élèves

A ces trois unités s’ajoute une mission de développement des compétences en charge de la formation du personnel de l’École.

Enfin, le DRH intègre le pôle médico-psycho-social de l’École.

Le pôle médico-psycho-social, créé début 2008, et composé d’un médecin de prévention, d’une psychologue clinicienne, d’une assistante sociale et d’une secrétaire, permet une prise en charge globale des publics élèves et personnels :

• L'infirmière du travail accueille tous les publics et les oriente vers les différents professionnels. Elle supervise les politiques de prévention à la santé et accompagne les élèves en situation de handicap.    
• Le médecin du travail s’occupe au niveau des élèves du dépistage de la tuberculose, de la mise à jour des vaccins, des urgences médicales, des soins médicaux divers et des accidents de travail. Au niveau des agents, il gère les visites médicales.  
• La psychologue clinicienne reçoit en entretien les élèves et les personnels à leur demande, gère les urgences, oriente vers les services extérieurs lorsque nécessaire, et met en place des relais avec les collègues en établissements.
• L’assistante sociale informe les élèves et les personnels sur leurs droits (prestations familiales et sociales, formalités administratives…), aide et conseille (recherche de logement, difficultés financières…) et intervient dans le cadre d’un suivi social en lien avec d’autres partenaires.  

Les membres du pôle médico-pyscho-social participent aux actions de prévention de l’École en matière de risques psycho-sociaux, d’addictions et  de prévention routière. Par ailleurs, elles ont un rôle pivot sur la problématique des travailleurs handicapés.

Le département technique

Le département technique gère, entretient et développe le parc immobilier. Il prépare au plan technique les opérations d’investissement qui seront votées par le conseil d’administration. Ces opérations font l’objet de marchés publics immobiliers.
Au quotidien, le département est en charge des tâches de vaguemestre pour les services de l’école et à destination des élèves. Le département est en charge de la logistique qui s’étend aux villages d’hébergement.
Ce département est constitué de deux unités : l'unité de maintenance tertiaire - bâtiments pédagogiques et administratifs et l'unité de maintenance villages d'hébergement.

Le département des systèmes d’information

Le département des systèmes d’information met en œuvre la parfaite opérationnalité informatique de l’École, sa sécurité informatique ainsi que les modalités permettant l’utilisation du télétravail au bénéfice de son personnel. Il développe également des logiciels spécifiques pour l’École et veille à la protection des données personnelles.