La directrice de l’Ecole est assistée d'un directeur adjoint, d’un chef de cabinet, d’un directeur de la formation, d’un directeur de la recherche, et de la diffusion, et d’un secrétaire général.
Conformément à l'article 11 du décret du 26 décembre 2000, relatif à l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire, le directeur de l'Enap prépare et exécute les délibérations et décisions du conseil d'administration : il désigne les professeurs, conférenciers et intervenants et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ; il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'école ou en formation dans celle-ci et est responsable de la discipline intérieure et de la sécurité au sein de l'établissement ; il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ; il prend, en cas d'urgence, l'initiative d'agir en justice pour la défense des intérêts de l'établissement et en rend compte à la plus prochaine réunion du conseil d'administration ; il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ; il peut déléguer sa signature.